Installation et configuration de R

Pour pouvoir utiliser R depuis Isis, il faut que celui ci soit correctement installé sur le système de l'utilisateur pour que Java puisse le charger proprement.

IsisFish utilise R via la librairie JRI (http://www.rforge.net/rJava/) qui a été construite à partir d'une version précise de R. Depuis IsisFish 4.0, les versions supportées de R sont les versions > 2.13.

Architecture

Le premier point très important concerne l'architecture sur laquelle tournent Java, R. Ces deux éléments doivent être tous les deux en 32 bits ou en 64 bits.

Architecture R

Depuis la version 2.13 de R, celui est disponible est 32 et 64 bits, celui-ci s'installe dans les 2 versions lors de l'installation. L'utilisation de l'une ou l'autre des versions dépend de sa configuration.

Java

Java s'installe directement dans une architecture précise, il faut donc vérifier que la version actuellement utilisée est bien dans l'architecture désirée.

Il est possible de le vérifier en utilisant la commande java -version.

Exemple 32bits:

java version "1.8.0_66"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_66-b17)
Java HotSpot(TM) Server VM (build 25.66-b17, mixed mode)

Exemple 64 bits:

java version "1.8.0_66"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_66-b17)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.66-b17, mixed mode)

Configuration

La configuration de R pour IsisFish se fait via la définition de variable d'environnement.

Windows

Pour acceder à la configuration des variables, il faut:

  • ouvrir l'explorateur windows
  • clic droit sur "Ordinateur" et choisir "Propriétés" (1)
  • ouvrir les propriétés avancées (2)
  • ouvrir les variables d'environnement (3)

Pour R, il faut définir une nouvelle variable "R_HOME" ayant la valeur C:\Program Files\R\R-3.3.2. Il faut également modifier la variable PATH pour y ajouter:

  • %R_HOME%\bin\i386 pour la version 32 bits
  • %R_HOME%\bin\x64 pour la version 64 bits

Linux

Sous linux, seule la variable R_HOME est nécessaire. Il est possible de l'ajouter dans le fichier ~/.bashrc:

if [ -z "$R_HOME" ]; then
  export R_HOME=/usr/lib64/R
fi

Librairies R

Pour les analyses de sensibilité, IsisFish utilise 2 librairie de R non installée par défaut. Il s'agit des librairies "lhs" et "sensitivity".

Installation dans R:

> install.packages('rJava');
> install.packages('lhs');
> install.packages('sensitivity');

Vérification

Depuis la version 4.0, IsisFish dispose d'un vérificateur de configuration R.

Dans cet assistant, les champs doivent tous être blanc (sans erreur) (le champs PATH peut être rouge seulement sous linux).

Le boutons "Tester" doit retourner le message "R testé avec Succès" assurant que R fonctionnera bien par la suite (AS, regles utilisant R...). Ce test vérifie si R peut bien être utilisé depuis Isis et si les librairies nécessaires sont bien installée.

Changements

IsisFish 4.4

Depuis IsisFish 4.4, celui-ci n'a plus d'architecture specifique (32 ou 64 bits). Il utilise la même que celle de Java.

Un autre changement concerne le fait que Isis ne fournit pour les librairies native JRI. Celles-ci doivent être installées manuellement par l'utilisateur via la commande R:

> install.packages('RJava');

Cela permet à IsisFish d'être indépendant de R et de supporter toutes les versions de R.

Erreurs

Voici la liste des erreurs qui peuvent apparaître dans le debug.txt d'IsisFish lors de l'utilisation de R.

org.nuiton.j2r.RException: R initialisation failed, please check your installation

R n'est pas correctement configuré ou IsisFish correctement lancé.