Installation et lancement d'ISIS-Fish

Matériel requis

Afin de pouvoir faire tourner ISIS-Fish sur votre machine, il est nécessaire d'avoir au moins la version 1.8 de Java d'installée. Il est possible de connaître la version actuellement installée sur votre ordinateur en tapant dans une commande DOS : «java -version». Si vous aboutissez à un message d'erreur, cela signifie que Java n'est pas installé. Si la version installée est antérieure à la version 1.8 ou que Java n'est pas installé, vous devez télécharger la dernière version de Java SE Development Kit (JDK). Ceci peut se faire directement à cette adresse : http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html

Comment se procurer ISIS-Fish

Il est possible de télécharger ISIS-Fish à cette adresse : http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files. Les fichiers contenant ISIS-Fish et tout ce qui est nécessaire à son bon fonctionnement sont nommés : «isis-fish-4.x.y.z.zip» où 4.x.y.z correspond au numéro de la version.

Installation

Une fois le zip téléchargé, il faut le dézipper dans le répertoire de votre choix.

Sous linux vous pouvez taper:

unzip isis-fish-4.x.y.z.zip

Un nouveau répertoire isis-fish-4.x.y.z apparaît.

Lancement

Fichier de lancement par défaut .bat et .sh

Par défaut ISIS-Fish peut allouer au maximum 1Go de Ram pour son utilisation. Si votre région contient de très nombreux métiers, stratégies et populations vous pouvez devoir augmenter cette valeur pour cela éditez le fichier isisfish.bat ou isisfish.sh suivant votre plateforme (Windows, Unix/Linux).

Par défaut les fichiers de lancement redirigent les sorties vers un fichier debug.txt. Si jamais un problème se produit durant l'utilisation d'ISIS-Fish ce fichier peut vous permettre de comprendre plus simplement le problème. Si vous faites appel aux mailing-lists pour demander de l'aide, il vous sera demandé de joindre ce fichier à votre demande.

Lancer ISIS-Fish sous windows

Double-cliquer sur le fichier .bat créé. Une fenêtre DOS va alors s'ouvrir. Puis l'interface d'ISIS.

Si l'interface n'apparaît pas, cela signifie qu'une erreur s'est produite lors du lancement. Le message d'erreur est situé dans le fichier debug.txt, mais il peut dans certains cas être difficilement compréhensible. Si vous ne pouvez comprendre ce message, envoyez le sur la liste utilisateur (voir partie Contact-Assistance )

Lancer ISIS-Fish sous Unix/Linux

Placez-vous dans le répertoire contenant le fichier isis-fish.sh et exécutez le avec:

./isisfish.sh

Option de la ligne de commande

Il est possible de passer des paramètres à la ligne de commande par exemple:

./isisfish.sh --help

l'option --help permet d'afficher la liste des options disponibles

Voici les autres options.

Commande

Description

-help, -h

Affiche l'aide

-listRegion

Affiche la liste des régions disponibles

-importRegion region

Importe une région dans la base locale. Il est possible d'importer des régions depuis ISIS-Fish version 2 ou 3. Suivant l'extension du fichier, ISIS-Fish fera la bonne opération

-importAndRenameRegion region newName

Importe une région dans la base local et modifie son nom durant l'import.

-exportRegion regionName output.zip

Exporte une région existante dans la base locale sous la forme d'un fichier zip importable ultérieurement.

-listSimulation

Affiche la liste des simulations disponibles

-importSimulation simulation

Importe une simulation dans la base locale

-exportSimulation simulationName simulation.zip

Exporte une simulation existante dans la base locale sous la forme d'un fichier zip importable ultérieurement.

-update <true|false>

Force la mise à jour des scripts comme lors du premier lancement d'ISIS-Fish

-create-ssh-key

Permet de créer une paire de clé ssh. Ces clés sont utilisées pour pouvoir modifier les scripts pour les personnes ayant un login sur le CVS hébergeant les sources des scripts. (Voir le chapitre CVS)

-ssh-key-file pathToPrivateKey

Permet d'indiquer à ISIS-Fish d'utiliser une paire de clés ssh existantes pour l'accès au CVS. (Voir le chapitre CVS)

-config name value

Permet de modifier des valeurs de configuration. Cela revient au même que de modifier le fichier $HOME/.isis-config-3, ou utiliser l'interface depuis le menu fenêtre->configuration.

Liste des options disponibles:

option

description

type

exemple

compileDirectory

répertoire utilisé pour la compilation des scripts

chemin vers un répertoire

/tmp/isis-build

language

La langue à utiliser

ISO Language Code http://www.loc.gov/standards/iso639-2/englangn.html

fr

country

La variable pays pour la langue

ISO Country Code http://www.iso.ch/iso/en/prods-services/iso3166ma/02iso-3166-code-lists/list-en1.html

FR

database

répertoire utilisé pour stocker les informations

chemin vers un répertoire

/home/poussin/isis-database-3

defaultSimulator

nom du fichier à utiliser comme simulateur

nom d'un fichier .java contenu dans le répertoire $database/simulators

DefaultSimulator.java

javadocUrl

URL pointant vers la javadoc du simulateur

URL

http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/apidocs/

defaultExportDirectory

Répertoire ou les exports de simulation sont placé par défaut

chemin vers un répertoire

/home/poussin/isis-export

defaultExportNames

la liste des noms des exports par défaut à utiliser

liste séparée par des virgules

Abundances.java,Biomasses.java

defaultResultNames

la liste des résultats que l'on souhaite conserver durant la simulation pour les visualiser ultérieurement via l'interface de rendu des résultats.

liste séparé par des virgules

matrixDiscardsWeightPerStrMet,matrixPrice

defaultMap

la carte à utiliser par défaut pour nouvelle région

le chemin d'un fichier de carte .shp sans l'extension

maps/vmap_area_thin

defaultTagValue

la liste des tags values à utiliser par défaut pour les simulations

liste séparé par des virgules de couple "nom":"valeur"

"ecoResult":"true","maVal":"truc"

cvsHostName

le nom du serveur contenant l'arbre CVS des données

le nom d'un serveur ou une ip

labs.libre-entreprise.org

cvsRepository

le répertoire racine du CVS sur le serveur

chemin vers un répertoire

/cvsroot/isis-fish

cvsDataBase

le nom du module CVS contenant les données sur le serveur

String

isis-fish-data

cvsHost

fichier contenant les cles des serveurs CVS

chemin d'un fichier xml

/home/poussin/.isis-ssh-host.xml

cvsUserName

le nom de l'utilisateur pouvant accéder au CVS

login

anonymous ou bpoussin

cvsSsh2Connexion

indique si l'on utilise ou non un accès sécurisé au CVS. Cela n'est pas utile pour le compte anonymous et nécessite une clé SSH

boolean

true

cvsKeyFile

le fichier contenant la clé privée SSH

chemin vers un fichier

/home/poussin/.ssh/id_dsa

smtpServer

le nom du serveur SMTP à utiliser pour envoyer des mails.

nom d'un serveur ou ip

smtp.codelutin.com

localSimulator

valeur par défaut utilisée pour savoir si les simulations que l'on exécute doivent être faites localement ou sur un serveur de simulation

boolean

true

simulatorServer

URL permettant de contacter le serveur de simulations

URL

http://simulateur.ifremer.fr:9090

simulatorServerLogin

le login à utiliser pour le serveur de simulations

login

bpoussin

simulatorServerPassword

le mot de passe à utiliser pour le serveur de simulations

mot de passe

guest

Premier lancement et fichier de configuration

Lors du premier lancement ISIS-Fish vous posera un certain nombre de question.

Si vous souhaitez les modifier ultérieurement il faut éditer le fichier $HOME/.config/isis-config-4.

$HOME est une variable d'environnement sous Unix/Linux qui pointe vers le répertoire utilisateur de la personne logguée. Sous Windows l'utilisateur à aussi un espace de travail personnel, mais son emplacement varie suivant la version de Windows utilisée.

Données et scripts initiaux

Lors du premier lancement, il est conseillé d'être connecté à Internet, car ISIS-Fish récupère une région de démonstration et les scripts de simulation, export...

Mettre à jour les scripts

Les scripts de simulation sont modifiés indépendament de la version d'ISIS-Fish. Il est donc possible de mettre à jour les scripts sans modifier sa version d'ISIS-Fish. Dans certain cas, les nouveaux scripts ne fonctionneront qu'avec une nouvelle version d'ISIS-Fish, par exemple en cas de modification de la structure des régions (ajout de champs à un objet).

Pour mettre à jour les scripts, il faut dans la fenêtre principale aller dans le menu fichier->Synchronisation serveur.

Vous devez voir apparaitre une fenêtre vous invitant à sélectionner les éléments à mettre à jour ou les nouveaux éléments à récupérer.

Dans la zone texte du bas vous pouvez voir les changements effectués sur le fichier sélectionné.

Changer le répertoire de simulations : .isis-config-4

Pour windows : isis-config-4 se trouve dans le répertoire home (C:\Documents and settings\chezsoi\Application Data). [ou sur Mac : Users/<account>/.config/isis-config-4 (Comme le nom de fichier commence par un "." il peut être caché)] Par défault, la zone de travail est C:\Documents and Settings\chezsoi (zone où sont créés les répertoires isis-database, isis-build,...). Pour changer de zone de travail, il suffit de changer le répertoire par défaut dans le isis-config par le répertoire choisi.

Fichier exemple

#Last saved Tue Sep 15 09:25:33 CEST 2009
#Tue Sep 15 09:25:33 CEST 2009

compilation.directory=D\:\\SimulationsISIS\\isis-build
database.directory=D\:\\SimulationsISIS\\isis-database-4
default.export.directory=D\:\\SimulationsISIS\\isis-export

Installer Isis-FISH pour effectuer les simulations sur le super-calculateur CAPARMOR

Afin d'utiliser Caparmor pour effectuer les simulations, il convient de suivre une procédure particulière (et d'avoir l'autorisation d'utiliser Caparmor). La procédure décrite dans le fichier joint devrait vous permettre de configurer et utiliser ISIS et Caparmor correctement.

Installation d'ISIS-Caparmor